Populous: The Beginning là phần đầu tiên trong dòng game được phát triển bằng đồ họa 3D hoàn toàn, cho phép môi trường được thu nhỏ và xoay theo thời gian thực.[15] Trò chơi được phát hành hơn bốn năm sau Populous II: Trials of the Olympian Gods vì các nhà phát triển nói rằng sự chậm trễ là do chờ các thông số kỹ thuật phần cứng xuất hiện đủ để họ có thể cho phép mình làm điều gì đó rất khác biệt và mới mẻ.[16] Nhà sản xuất Stuart Whyte đã nói về công việc, "Chúng tôi thực sự tự hào về những gì chúng tôi đã làm trong phần mềm này bởi vì nó trông rất đẹp."[17]

Dòng game Populous lấy cảm hứng từ thuật ngữ "god game", cho phép người chơi đảm nhận vai trò của một thượng đế dẫn dắt người dân của mình đến những lãnh thổ mới hoặc tham gia vào trận chiến.[18] Alan Wright, trưởng dự án của trò chơi, nhấn mạnh cả sự đổi hướng của Populous: The Beginning lấy từ các bản trước trong sê-ri, cũng như phân biệt với các game tương tự như Command & Conquer. Các yếu tố của dân làng thông minh và cải tạo địa hình, ông nói, "thêm toàn bộ mức độ lối chơi không có trong các tựa game đó."[16] Đại diện của Bullfrog là Brian Allen đã khẳng định rằng những sự đổi hướng này giúp Populous: The Beginning trở nên khác biệt hơn hẳn so với các tựa game chiến lược thời gian thực khác trên thị trường vào thời điểm đó.[18] Trong một số khía cạnh, các nhà phát triển đã buộc phải loại bỏ những tính năng do các hạn chế kỹ thuật; ví dụ, câu thần chú "Bệnh dịch" (Plague) từ các phiên bản Populous trước đó đã bị loại bỏ vì trong thực tế, câu thần chú này quá vô dụng.[17]

Ban đầu, trò chơi được biết đến với cái tên Populous: The Third Coming,[16] nhưng tên gọi đã được thay đổi theo thời gian game được thể hiện dưới dạng beta hoàn chỉnh có thể chơi được vào cuối năm 1998.[16] Trò chơi này là phần đầu tiên trong dòng game được thực hiện mà không có nhà sáng tạo Populous Peter Molyneux, do ông đã rời khỏi Bullfrog để lập nên Lionhead Studios.[5] Âm nhạc do Mark Knight sáng tác, người đã gia nhập nhóm của Bullfrog vào năm 1997.[19]

Bullfrog đã phát hành Populous: The Beginning — Undiscovered Worlds vào năm 1999. Bản mở rộng chỉ được tung ra ở Anh và Mỹ. Add-on này cung cấp mười hai màn của phần chơi đơn và mười hai màn chơi mới của phần chơi mạng,[20] với phần tiếp theo của cốt truyện bắt đầu trong phiên bản trước, giờ đây người chơi đảm nhận vai trò của một shaman mới phải khôi phục hòa bình cho Hệ Mặt Trời.[21]